Родился в 1963 году. Окончил постановочный факультет Саратовского художественного училища и факультет «Сценографии и театральной технологии» Ленинградского института театра, музыки и кинематографии (ученик народного художника СССР Марта Китаева).

С 1990 по 1994 годы Алексей Паненков работал главным художником в Ульяновском драматическом театре, с 1997 года он – главный художник Тюменского драматического театра. Плотно сотрудничает с театрами Москвы, Новосибирска, Тюмени, Ростова-на-Дону, Южно-Сахалинска, Оренбурга и других городов России, оформляет спектакли и в других странах.